Gefundene Steinwerkzeuge weisen darauf hin, dass Bhutan bereits 2000 vor Chr. besiedelt war. Über die Geschichte der ursprünglichen Bewohner des Landes, die Thepu, liegen keine schriftlichen Aufzeichnungen vor. Belegt ist, dass im 8. Jahrhundert n. Chr. Indische Missionare den Buddhismus in das damals hinduistische Feudalfürstentum brachten, das im folgenden Jahrhundert unter tibetische Herrschaft geriet. Die indisch-hinduistischen Einflüsse wurden gewaltsam beseitigt und der Buddhismus zur Staatsreligion erklärt.

Damals entstanden auch die ersten Klöster in Bhutan. Verbreitung fand der Buddhismus allerdings erst, als Padmasambhava 747 n. Chr. ins Land kam, hier besser bekannt unter dem Namen Guru Rinpoche. Er gilt als der „2. Buddha“ und wird hoch verehrt und seine Statue steht in fast allen Klöstern Bhutans. Die Einigung Bhutans wurde durch Ngawang Namgyel eingeleitet.

Als Sohn der aristokratischen Gya-Familie in Tibet wurde er Abt des Drukpa-Klosters Ralung in Südtibet. Der Desi (Herrscher) von Tsang in Zentraltibet hatte allerdings dafür seinen eigenen Kandidaten vorgesehen und Ngawang Namgyel musste um sein Leben fürchten. Unter Mitnahme vieler Reliquien floh er 1616 nach Westbhutan, wo er als Shabdrung (was so viel bedeutet wie „Derjenige zu dessen Füssen man liegt“.) als anerkannter religiöser Führer zunächst Simtokha, seinen ersten Dzong errichtete. Weitere Dzongs in Paro, Punakha und Trongsa folgten.

Ihm gelang die Einigung der bis dahin unabhängigen Fürstentümer des Landes zu einem theokratischen Reich. Er wird als Gründer des Staates und als Stifter bhutanischer Identität angesehen. Mit seinen kulturellen Errungenschaften – er gliederte alle Regionen des Landes in ein schriftlich verwaltetes Reich – legte er den Grundstein zu heutigen bhutanischen Gesellschaft. Der Staat erhielt den bis heute gültigen Namen „Druk Yul“ (Land des Drachen).

Shabdrung veranlasste auch den Zusammenschluss aller Mönche in der „Sangha“ unter einem obersten Abt, dem „Je Khenpo“ und führte die Nationaltracht (Gho und Kira) ein, um dem Land eine eigene kulturelle Identität zu geben. Nach seinem Tod 1651 wurde die Staatsgewalt formell zwischen einem geistlichen und einem weltlichen Oberhaupt geteilt, praktisch lag sie aber in den Händen der Lamas. Diese stellten die Statthalter (Penlops), die die Steuern und Abgaben von den Bauern eintrieben und die Gerichtsbarkeit ausübten. Allerdings gab es immer wieder Rivalitäten zwischen einzelnen Fraktionen die 200 Jahre lang Machtkämpfe und Bürgerkriege auslösten, in die auch Tibet, China und Sikkim einbezogen wurde.

1772 begann dann der fast hundertjährige Grenzkonflikt mit der britischen Ostindien-Kompanie. Im Jahr 1864 okkupierte die Kolonialmacht den Bezirk Dewangiri und andere Gebiete Bhutans und das Land verlor damit wertvolles Ackerland. Im Herzen von Bhutan ging jedoch das Machtgerangel weiter. Der Penlop von Trongsa, Jigme Namgyal, schaltete zu guter Letzt seinen Rivalen in Trongsa aus, etablierte sich als mächtiger Desi und setzte seinen Sohn, Ugyen Wangchuk, als Paro Penlop ein. Nach dem Tod des Vaters assistierte Ugyen Wangchuk den Briten bei ihrer Invasion Tibets, erweitere seine Machtbasis und wurde 1907 von einem Gremium als Stammesfürsten und Lamas einstimmig zum 1. Druk Gyalpo -Drachen-König- gewählt. Er führte die erbliche Maharajawürde ein (Wangchuk-Dynastie). Die guten Beziehungen des Königs mit den Briten führten 1910 zum Vertrag von Punakha, in welchem sich England zur Nichteinmischung in interne Angelegenheiten Bhutans bekannte und Bhutans Außenpolitik von Ratschlägen der britischen Regierung geleitet werden sollte. Ein Anspruch der nach der Unabhängigkeit Indiens an Delhi überging.

Am 8. August 1949 schloss Bhutan mit Indien einen Freundschaftsvertrag, demzufolge Indien die außenpolitischen Beziehungen Bhutans wahrnimmt und Wirtschaftshilfe in Form von Straßen und Wasserkraftwerken leistet. Im November 1964 übernahm der König die gesamte Staatsgewalt. Das 1953 geschaffene Parlament erhielt 1968, als Bhutan konstitutionelle Monarchie wurde, gewisse Gesetzgebungsrechte. Der königliche Rat und der Ministerrat bilden die Exekutive. Unter König Jigme Dorji Wangchuk wurden die Privilegien der Lamas eingeschränkt und Maßnahmen zum Abbau der feudalen Verhältnisse (u.a. Abschaffung der Leibeigenschaft und Entwicklung des Bildungswesens) eingeleitet.

Am 12. Februar 1971 erlangte Bhutan die völkerrechtliche Anerkennung (Aufnahme in die UNO) der schon zuvor bestehenden Eigenstaatlichkeit. Im Jahr 1998 beschränkte der vierte König Jigme Singye Wangchuk gegen den Willen des Parlaments seine eigene Macht und unterstellte sich der Autorität des Parlaments. Im März 2008 fanden die ersten politischen Wahlen in Bhutan statt und eine neue Verfassung wurde verkündet, die Bhutan zu einer demokratisch-konstitutionellen Monarchie macht

Am 14. Dezember 2006 dankte König Jigme Singye Wangchuk, der das Land seit der Unabhängigkeit autokratisch regiert hatte, ab und sein Sohn Jigme Khesar Namgyal Wangchuk wurde der fünfte König des Landes. Am 6. November 2008 fanden die offiziellen Krönungsfeierlichkeiten statt.